港口航道泥沙工程交通行业重点实验室前身为1999年经交通部认定的交通部港口航道泥沙工程重点实验室，依托河流海岸研究所组建，2013年作为首批实验室顺利通过了交通运输部的评估。主要从事河流、河口、海岸动力学及航道治理技术以及波浪结构地基相互作用等方向的研究工作。在交通运输部5年一度的评估中，分别在2013年、2018年两次获评“优秀”。

实验室现有大型试验厅27座，总面积达11万平米 ，是目前国内同类实验室中规模最大、仪器设备最齐全的实验室。拥有风浪潮流长水槽、波浪水槽、变坡水槽、不恒定流水槽、盐水槽、波浪港池、水槽不规则造波系统和港池不规则造波系统，大型河口潮汐发生系统、浑水动床试验与监测系统、水槽自动控制与数据采集系统、浑水模型自动加沙监测系统、现场多功能定点观测系统、低水头大流量可逆泵、多功能智能流速仪、智能测沙颗分仪和流速流向仪等自行研制的实验设施与仪器设备；具有先进水平的三维ADV测速仪、二维电磁流速仪等测波、测流、测沙设备。ADCP声学多普勒海流剖面仪、声学波浪剖面流速仪AWAC、超声波测深仪、双频识别声呐、多波束测深仪等现场测量设备。

2000年以来，实验室共承担科研项目千余项，除泥沙基础理论研究外，还承担了许多重大工程泥沙问题的研究工作，如葛洲坝、三峡等大型枢纽工程坝区和回水变动区航道泥沙问题；长江口、钱塘江口、瓯江口、珠江口等河口区域治理；长江、汉江、松花江和湘江航道整治；全国20余主要港口的港口航道泥沙问题以及多个海外国家港口的波浪泥沙问题；港珠澳大桥、长江苏通大桥、南京长江三桥、南京长江第四大桥、润扬大桥等桥梁的通航条件、桥墩冲刷及防洪影响进行了系统研究。研究成果均被采用，取得了巨大的经济效益和社会效益。2000年以来获国家科技进步一等奖2项、二等奖3项，部省科技进步特等奖12项、一等奖43项。

主要研究方向：河口动力学及河口航道治理技术；河流动力学及内河航道治理技术；海岸港口航道治理技术；海岸动力学及波浪-结构-地基相互作用。